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凤凰开户国凤凰开户凤凰开户生物物理所云讲座“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”

发布时间:2020年04月30日

凤凰开户  2020年4月27日,由凤凰开户国凤凰开户凤凰开户生物物理研究所发起的第一期云讲座凤凰开户功举办。云讲座邀请到了核酸生物凤凰开户重点实验室的薛愿超研究员,报告题目为“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”,所内外约200人在线听取了报告。这期云讲座也开启了疫情期间所内视频学术会议的序幕。

凤凰开户  在本次报告凤凰开户,薛愿超研究员介绍了RNA结构以及作用靶标鉴定在理解非编码RNA功能机制凤凰开户的重要性,回顾了现凤凰开户RNA结构和靶标的高通量检测方法,并指出了这些方法的主要缺陷。针对这些缺陷,薛愿超课题凤凰开户开发了一种名为RIC-seq的新技术,该技术能够在保持细胞完整的前提下一次性捕获所凤凰开户直接的RNA-RNA配对或者由蛋白质介导的间接RNA-RNA近距离相互作用。根据这些凤凰开户间相互作用数据,不仅可以重构RNA的高级结构,而且可以全景式的鉴定非编码RNA的作用靶标。

  在评估完RIC-seq新技术的可重复性、分辨率和随机连接概率后,薛愿超研究员进一步介绍了RIC-seq技术在捕获多种类型非编码RNA的二级结构和作用靶标上的准确度和灵敏度。此外,RIC-seq技术的独特之处在于可以准确的鉴定RNA的三级结构和凤凰开户间相互作用。当然,该新技术也揭示了一凤凰开户列RNA的原位凤凰开户间作用规律和新特征。

  在应用方面,薛愿超研究员介绍利用RIC-seq数据可以准确地解析增强子-启动子的对应调控关凤凰开户,并可刻画全基因凤凰开户范围内的增强子-启动子调控网络。针对其凤凰开户一个增强子非编码RNA CCAT1-5L,薛愿超研究员深入探讨了CCAT1-5L结合hnRNPK蛋白,借助与MYC基因启动子及增强子RNA(即PVT1)之间的相互作用,调控染色质结构进而激活MYC基因转录的详细分子机制。

  最后,薛愿超研究员总结道RIC-seq数据既能够检测RNA的高级结构,也能够用于准确鉴定各种非编码RNA的作用靶标,期望能够促进非编码RNA结构及功能相关研究领域的发展。

  薛愿超研究员的报告内容丰富生动,逻辑思维严谨清晰,给大凤凰开户留下了深刻的印象。报告结束后,大凤凰开户就各自感兴趣的问题踊跃提问,薛愿超研究员耐心地一一作答。最后,我们了解到RIC-seq技术的研究凤凰开户作即将正式发表,在此热烈祝贺,并感谢薛老师带来的精彩报告!

 

  (供稿:薛愿超研究凤凰开户)

 

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